PHost liest zwei Konfigurationsdateien: pconfig.src und shiplist.txt. Diese Dateien enthalten die Spiel-spezifischen Parameter und die Schiffslisten-spezifischen Parameter.

Beide Dateien sind einfache Textdateien. PHost sucht sie nur im Spielverzeichnis. Die Dateien sind in Abschnitte (sections) unterteilt, jeder Abschnitt besteht aus einer Reihe Zuweisungen (assignments). Kommentare können an jeder Stelle mit dem Nummernzeichen # eingeleitet werden; alles vom # bis zum Zeilenende wird ignoriert. Leerzeilen werden ebenfalls ignoriert. Groß- und Kleinschreibung wird nicht unterschieden.