Schiffe können einem gegnerischen Schiff Fracht übergeben. Traditionell können nur die vier Mineralien sowie Kolonisten und Vorräte übergeben werden, es gibt aber erweiterte Missionen, mit denen auch Geld und Munition übergeben werden können. Seit PHost 4.0h kannst du auch den transfer-Befehl nutzen, um Geld und Munition zu übergeben, ohne die Mission des Schiffes zu ändern. Wenn das Frachtgut nicht komplett auf das Zielschiff passt, erhältst du es zurück. Wenn du keinen Treibstoff hast, kannst du den Transporter nicht nutzen. Die Privateers können solche Transporte ausrauben. Für Transfers zwischen eigenen Schiffen trifft das nicht zu. Hierfür gibt es kein Limit, und die Transporte werden sofort ausgeführt.
Schiffe können ebenso Fracht auf einen fremden oder neutralen Planeten abladen. Hier können ebenso nur die vier Mineralien, Vorräte und Kolonisten transferiert werden, es gibt aber eine erweiterte Mission zur Übergabe von Geld sowie einen Befehl unload. Die Privateers können solche Transfers ebenfalls ausrauben. Durch Abladen von Kolonisten auf einem neutralen Planeten kolonisierst du den Planeten (er gehört dir nächsten Zug), das Abladen von Kolonisten auf einen fremden Planeten führt zu Bodenkampf.
Schiffe im freien Raum können Fracht über Bord werfen (jettison). Das funktioniert nur, wenn du Treibstoff hast. Es können Mineralien, Vorräte und Kolonisten über Bord geworfen werden. Einige Winplan-kompatible Clients erlauben auch das Abwerfen von Torpedos, Raumjägern und Geld.
Viele Schiffsmissionen interagieren ebenfalls mit anderen Schiffen. Schiffe können außerdem an Sternenbasen repariert (und neu bemannt) oder recycelt werden.